ในปี พ.ศ. 2539 ทบวงมหาวิทยาลัย (ณ ปี พ.ศ. 2563 คือกระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัย และนวัตกรรม) ได้ประกาศนโยบายและแนวทางในการประกันคุณภาพการศึกษา มีสาระสำคัญประการหนึ่งคือ กำหนดให้สถาบันอุดมศึกษาจัดให้มีระบบและกลไกการประกันคุณภาพการศึกษาภายในสถาบัน เพื่อเป็นเครื่องมือในการรักษาและพัฒนาคุณภาพ การจัดการศึกษาระดับอุดมศึกษาให้ได้มาตรฐานเป็นที่ยอมรับจากทั้งภายในและภายนอกประเทศ มหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราชในฐานะสถาบันอุดมศึกษาของรัฐ จึงรับนโยบาย ดังกล่าวมาปฏิบัติ โดยการตั้งคณะทำงานเพื่อศึกษา และวางแนวทางในการพัฒนาระบบและกลไกการประกันคุณภาพการศึกษาภายใน จนถึงปี พ.ศ. 2542 มีการประกาศพระราช บัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 ความในหมวด 6 เรื่อง มาตรฐานและการประกันคุณภาพการศึกษา มาตรา 47 ให้มีระบบการประกันคุณภาพการศึกษา เพื่อพัฒนาคุณภาพและ มาตรฐานการศึกษาทุกระดับ ประกอบด้วยระบบการประกันคุณภาพการศึกษาภายใน และระบบการประกัน คุณภาพการศึกษาภายนอก ด้วยตระหนักถึงความสำคัญของการประกัน คุณภาพการศึกษาที่มีมากขึ้น ในปี พ.ศ. 2543 มหาวิทยาลัยจึงได้แต่งตั้งคณะทำงานพัฒนาและประกันคุณภาพการศึกษาและกำหนดให้มีกิจกรรมงานประกันคุณภาพการศึกษาขึ้น เพื่อรองรับภารกิจดังกล่าวในฐานะเป็นหน่วยงานภายใต้การกำกับของสำนักวิชาการ จนถึงปี พ.ศ. 2544 กำหนดให้ศูนย์ประสานงานการประกันคุณภาพการศึกษาเป็นหน่วยงาน ที่มีฐานะเทียบเท่ากอง ทำหน้าที่รองรับภารกิจด้านการประกันคุณภาพการศึกษาทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย ดำเนินงานภายใต้ข้อบังคับมหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช ว่าด้วยศูนย์ประสานงานการประกันคุณภาพการศึกษา พ.ศ. 2544 ลงวันที่ 14 มีนาคม 2544

     ปัจจุบันศูนย์ประสานงานการประกันคุณภาพการศึกษาเป็นหน่วยงานภายใต้การกำกับดูแลของรักษาการแทนรองอธิการบดีฝ่ายยุทธศาสตร์ แผน เทคโนโลยีดิจิทัลและทรัพยากรบุคคล ซึ่งนอกเหนือจากมีหน้าที่ รับผิดชอบภารกิจด้านการประกันคุณภาพการศึกษาของมหาวิทยาลัยดังกล่าวข้างต้นแล้ว ยังได้รับมอบหมายจากมหาวิทยาลัยให้เป็นหน่วยงานหลัก ที่รับผิดชอบการประกันคุณภาพระดับสากล ตามแนวทางการประเมินของ Times Higher Education (THE) ที่มีการดำเนินการตามเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืน (SDGs) และการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสของหน่วยงานภาครัฐ (ITA) ตั้งแต่ปีงบประมาณ พ.ศ.2566 เป็นต้นมา